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在兩岸關係持續緊張的當下，一則來自中共官媒新華社的報導引起各界高度關注。前海基會董事長、前總統蔡英文ECFA幕僚洪奇昌率領台灣生技產業人士，於6月10日至12日赴北京參訪交流，這不僅是近年來罕見的綠營人士赴陸交流，更因洪奇昌特殊的政治背景與兩岸論述立場，為這次交流增添了濃厚的政治色彩。對此，陸委會綜規處副處長陳淑媚說，只要符合對等尊嚴原則、兩岸交流相關規範，兩岸民間團體健康有序交流政府都正向看待。
這位曾經公開表示蔡英文兩岸論述「很接近九二共識」的民進黨創黨元老，此次以台灣產經建研社理事長身分訪陸，再次引發外界對其兩岸政策立場的關注。洪奇昌不僅是蔡英文ECFA政策的重要幕僚，更被譽為民進黨內的「中國通」，其一舉一動都牽動著台海兩岸政治風向。
根據新華社報導，洪奇昌以台灣產經建研社理事長身分，率領台灣生技產業界人士到北京進行為期三天的參訪交流。交流團一行參訪了北京市高級別自動駕駛示範區、亦莊細胞治療研發中試基地、兩岸科創中心，並與兩岸企業家峰會生技小組進行座談交流。
報導指出，此次交流團深入了解中國生技產業發展情況及政策法規，探討兩岸生物醫藥等領域前沿發展與合作機遇，「取得積極交流成果」。值得注意的是，官方報導並未提及洪奇昌一行在北京期間是否與中共官員有所接觸。
這次交流行程並未事先向台灣媒體公開，但中國國台辦新聞局在新華社刊出報導後，主動通知駐北京的台灣媒體相關消息。這種做法，顯示了此次交流的低調性質，同時也反映出中共方面對此次交流的重視程度。
洪奇昌是民進黨創黨十八人工作小組成員，為民進黨創黨十八元老之一。作為黨外運動醫師從政的代表人物，洪奇昌也是民進黨醫師從政的第一人。他曾連續六屆擔任立法委員，並曾任民進黨中常委，在民進黨內具有崇高地位。
洪奇昌長期擔任新潮流系總召集人，與邱義仁、吳乃仁、林濁水並稱為新潮流系四大天王，為新潮流的開派元老之一。然而，2016年3月底，因在兩岸議題上的立場與派系不同調，洪奇昌被新潮流系所屬台灣新社會智庫除去會員資格。
洪奇昌於2007年7月至2008年5月擔任海基會董事長，正值兩岸關係的關鍵轉折期。在任期間，他積極推動兩岸民間交流，累積了豐富的兩岸事務經驗。這段經歷也讓他對兩岸關係有著深刻的理解和獨特的見解。
目前洪奇昌擔任台灣產經建研社理事長，同時也是福華電子董事長。因其人脈廣布於兩岸三黨與產官學各界，有「綠營募款王」、「綠營人脈王」稱號。而其於各界牽成晚輩眾多，更有「King Maker」（造王者）之稱。
值得注意的是，總統賴清德在成大醫學院就讀時，因聽洪奇昌授課演講決定棄醫從政。台南市長黃偉哲曾任洪奇昌國會助理，立法委員邱志偉、劉世芳、林宜瑾、黃國書都曾任洪奇昌助理，前衛生福利部部長薛瑞元曾任洪奇昌國會辦公室主任。
2016年5月12日，在蔡英文即將就任總統前夕，洪奇昌接受廣播節目專訪時發表了震撼性言論。他表示，蔡英文曾提到在九二歷史事實和中華民國現行憲政體制下推動兩岸關係，是另一種表達九二共識的形式，與九二共識內容「已經非常接近」。
洪奇昌說：「這是不是另一種型式表達九二共識、一中各表的內涵？也許沒有九二共識4個字，但把九共識當時的九二精神和九二諒解展現出來。」他認為，既有政治基礎就是1992年兩岸兩會會談歷史事實，雙方求同存異下的共同認知。
作為蔡英文的重要幕僚，洪奇昌在ECFA議題上扮演了關鍵角色。2011年亞洲週刊專訪中，洪奇昌被形容為「深受蔡英文重視的民進黨『中國通』」，他強調ECFA是已通過的法案，蔡英文也說過前朝的政策會延續。
2020年7月，洪奇昌接受中評社訪問表示，兩岸經貿結構仍穩定，ECFA應不斷。他認為，雙城論壇的舉行凸顯了「穩定、溝通」這兩個關鍵詞，對中國大陸來說，現在台海關係穩定是他們比較關切的議題。
2006年底至2007年初，洪奇昌被捲入民進黨內部的「十一寇事件」。由於對內批判陳水扁政府的政策，洪奇昌與其他十名立委被深綠支持者點名為「建議不提名十一人」。這場政治風波最終導致民進黨在2008年立委選舉慘敗，從89席掉到只剩27席。
洪奇昌因排名第15而成為落選頭，結束了長達18年的立委生涯後漸淡出政壇315。這段經歷也讓他對民進黨內部的政治生態有了更深刻的反思。
2016年3月，新潮流系決定將洪奇昌除名，主要原因是不滿其近年在兩岸議題上的立場。據中央社報導，新潮流系不滿洪奇昌與前國安會秘書長蘇起互動緊密，為避免外界將洪奇昌的主張視為新潮流系意見，因此決定將其除名。
新潮流系總幹事利錦祥告知洪奇昌，新潮流系要重組，不再將他留在團體內。洪奇昌對此表示，新潮流有政治考量，在政治考量下所做的決定就是「政治」，他不希望造成新潮流的困擾，但大家還是兄弟、朋友。
前立委蔡正元評論此事時指出，洪奇昌既是民進黨創黨黨員、也是新潮流系大老，比民進黨其他人更了解中國大陸情勢。但洪奇昌的柔性立場顯然不合新潮流系當權派的胃口，因此遭到除名。蔡正元更直言：「新潮流系開除洪奇昌等於蔡英文開除九二共識」。
這起除名事件反映了民進黨內部在兩岸政策上的深刻分歧，也預示了蔡英文政府在兩岸關係上的政策走向。
