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台灣政府自2024年底啟動史上最大規模的軍公教人員身份清查作業，針對是否持有中國大陸相關證件進行全面檢視。陸委會主委邱垂正5月12日在立法院內政委員會備詢時公布第一波清查結果，在37萬餘名受查核人員中，發現2人曾申請中國身份證、75人持有居住證，目前相關身份均已協助註銷。然而，國立台灣大學國家發展研究所教授劉靜怡就質疑，「清查的『方法』是怎樣？法律夠清楚？」
根據邱垂正在立法院的報告，政府這波專案清查作業以核心軍公教人員為優先對象，涵蓋總統府、五院等52個重要行政機關、國防部所屬以及全國209所各級公立學校兼任行政職人員等。截至今年4月底，應具結人數共37萬3821人，已完成具結者達37萬1203人，完成率高達99.87%。
在清查過程中，政府要求所有軍公教人員簽署「未在中國設籍」具結書，聲明未持有中國大陸戶籍、護照、身份證、定居證或居住證，若有不實需負法律責任。邱垂正透露，目前已掌握2名人員領有中國身份證，另有75人持有中國居住證，政府將啟動專案機制，協助當事人辦理註銷中國相關身份。
值得關注的是，當國民黨立委許宇甄質詢這2名持中國身份證的公務人員是否涉及國家機密業務時，邱垂正僅表示「目前都已排除」相關疑慮，並強調基於保密考量不便公開具體細節。許宇甄進一步追問是否代表「曾經涉及」敏感任務時，邱垂正回應「是」，並表示相關機關已經排除相關人員。
政府的清查行動並未就此結束。內政部次長馬士元5月26日受訪時證實，第二波清查將鎖定地方公職與教師為主。馬士元表示：「公職跟公立學校的教師，我們會展開清查，這是第二波」。
這項擴大清查計劃顯示政府對於公務體系忠誠度檢視的重視程度。根據《兩岸人民關係條例》第9條之1的規定，國民不得申領中國身份證、定居證或護照，若被查獲擁有中國戶籍，將被視為已取得中華人民共和國國籍，不僅喪失我國國籍，也無法再擔任軍公教職務。
然而，這項看似嚴謹的清查行動在實際執行過程中卻出現嚴重的行政混亂。據媒體報導，台中市高中以下學校平均收到6份來自不同機關的公文，甚至有基層教師反映在半年內簽了7次具結書。
全國教育產業總工會理事長林碩杰透露，在接獲台中一名教師反映簽了7份具結書後展開調查，發現台中高中以下學校自2月27日至5月20日期間，至少收到6份類似公文，發文單位包括銓敘部、教育部、陸委會、行政院秘書長、行政院人事行政總處及地方政府等，內容大同小異，均要求教職員工簽署具結書。
面對這樣的質疑，陸委會5月24日緊急發出澄清聲明，強調專案清查現職軍公教人員是否具大陸身分，已提醒各機關學校，不論當事人職務屬性或表件修正，總共只需具結一次即可，所謂有教師半年具結七次，明顯與事實不符。
陸委會解釋，由於我國公務體系龐大，人員屬性複雜，在同一機關內存在人事、主計、政風、教育等各種不同體系人員，各用人體系重視本次清查工作，以行政指導方式函轉要求落實，但政府自執行初始即確立專案清查工作，每人只需具結一次，不用重複具結。
這樣的執行混亂引發基層教師強烈反彈。林碩杰批評，重複簽署不僅浪費行政資源，也讓第一線教職員工疲於奔命，「本來有國家認同的，簽到最後都沒有了」。他強調，是否設籍或持有相關證件，一查即知，無需重複要求簽署，「國家認同與忠誠，不會因為多簽幾次具結書就增加或消失」。
在北市某國中任教的陳姓數學老師也表達不滿，她表示近日同樣被學校要求簽具結書，難以理解為何政府要把老師當成可疑人士。她坦言自己政治立場偏綠，如今感覺常被政府找麻煩，「我只是個老師，難道我會賣台當共諜嗎？」她也質疑，「新聞裡看到涉共諜案的，不少是民進黨黨工或政府部門要員，你們政府官員、黨內人士有沒有簽（具結書）？為什麼總是為難我們小老百姓？」。
除了軍公教清查之外，政府同時要求約1.2萬名在台定居的原中國籍人士補件「喪失原籍證明」，期限為6月底截止。截至5月22日，海基會已經手文書驗證完成3864件。
內政部政務次長馬士元表示，符合條件者可採具結替代或延後赴陸辦理等方式處理，目前已收件具結書約1200件5。然而，對於第一波清查情形，馬士元說明，目前仍有8000多位還在等待回覆，一部分還在海基會做文書認證，有一部分文件還在旅行途中。
海基會副秘書長黎寶文指出，按照當初內部評估，如果是一般的陸配想要返回中國大陸，要到當地的派出所申辦，申辦之後要把相關的證明文件拿到公證處公證，再由公證處送回台灣，整個流程評估要1到2個月左右6。他呼籲陸配謹慎把握3個月期間，盡快完成工作，一旦有任何困難，也要與海基會、陸委會或移民署第一時間陳情反映。
這次大規模清查行動暴露出現行法律規範的模糊地帶。《兩岸人民關係條例》第9條之1明確規定台灣地區人民不得在大陸地區設有戶籍或領用大陸地區護照，但對於居住證的規範則相對模糊。
陸委會發言人梁文傑曾說明，現職軍公教人員在職期間，不可能滿足居住中國6個月以上，且具備合法穩定居所、就業或就讀等條件。因此若持有中國居住證，表示該員任職機關或學校，在人事差勤或赴陸管理制度上恐有重大漏洞。
然而，由於現行兩岸條例僅規定國人不得取得中國大陸人民身分，但針對現職公務員是否可以持有中國居住證並無法律強制性，因此陸委會也說明，不會因為公務人員不配合具結，而作為懲處依據。
邱垂正表示，現行法律未明文禁止領取居住證，因為還沒進一步到變更身份，但這些證件往往為申請中國身分證的前置程序，相關號碼都會延用於進一步建立中國戶籍。且根據規定，必須於中國實際居住六個月以上、就業或投保社保等，才會領有居住證，軍公教人員理論上不應出現此情況，這也涉及忠誠義務的問題。
面對政府這項大規模清查行動，學術界也提出質疑。國立台灣大學國家發展研究所教授劉靜怡則在臉書發文質疑，「99.87%之外的0.13%是怎麼回事呢？是不是應該解釋一下清查的『方法』到底是怎樣呢？有無這些中國身份證件，到底是由誰負舉證責任呢？現行法律規定真的夠清楚嗎？」
